เมื่อช่วงบ่าย 13 กันยายน 2016 ที่ทำเนียบรัฐบาล มีรายงานหลังเผยภายหลังการประชุมคณะรัฐมนตรี (ครม.) ว่า ที่ประชุม ครม.ได้รับทราบว่า ดร.อุตตม สาวนายน ยื่นจดหมายลาออกจากตำแหน่งรัฐมนตรีว่าการกระทรวงเทคโนโลยีสารสนเทศและการสื่อสาร (ไอซีที) แล้ว โดยวันนี้ ดร. อุตตม ไม่ได้เข้าร่วมประชุม ครม. เนื่องจากขอลาออกตั้งแต่ช่วงเช้าวันที่ 12 กันยายน 2016 ที่ผ่านมา
การลาออกของ ดร.อุตตม สาวนายน ก่อน พ.ร.บ.ปรับปรุงกระทรวง ทบวง กรม เพื่อจัดตั้งกระทรวงดิจิทัลเพื่อเศรษฐกิจและสังคม จะมีผลบังคับใช้ หลังจากผ่านการพิจารณาของสภานิติบัญญัติแห่งชาติ และรอประกาศในราชกิจจาบุเบกษา เพื่อมีผลบังคับใช้ต่อไป
ทางด้าน พล.อ.ประยุทธ์ จันทร์โอชา นายกรัฐมนตรีและหัวหน้าคณะรักษาความสงบแห่งชาติ (คสช.) ได้มอบหมายให้ พล.อ.อ.ประจิน จั่นตอง รองนายกรัฐมนตรี ทำหน้าที่รักษาการแทน รมว.กระทรวงเทคโนโลยีสารสนเทศและการสื่อสาร เป็นการชั่วคราว